আর্জেন্টিনার রোজারিওতে ১৯৮৭ সালের ২৪শে জুন হোর্হে হোরাসিও মেসি এবং সেলিয়া মারিয়া কুচ্চিত্তিনির ২ পুত্র সন্তানের পর জন্ম নেয় লিওনেল মেসি। মেসির বড় দুই ভাই এবং এক ছোট বোন রয়েছেন। বড় দুই ভাইয়ের নাম রদ্রিগো ও মাতিয়াস এবং ছোট বোনের নাম মারিয়া সল। মেসির জন্মের সময়ে তার বাবা স্টিল কারখানায় কর্মরত এবং মা পার্ট-টাইম ক্লিনার ছিলেন। তাদের পৈতৃক আদি বাসস্থান ছিল ইতালির আকোনা শহরে। তার পূর্বপুরুষদের একজন অ্যাঞ্জেলো মেসি ১৮৮৩ সালে সেখান থেকে আর্জেন্টিনায় চলে আসেন। তারপর থেকে এখানেই বসবাসরত আছেন।

বাবা হোর্হের কাছে প্রশিক্ষন নিয়ে পাঁচ বছর বয়সে স্থানীয় ক্লাব গ্রান্দোলির হয়ে ফুটবল খেলা শুরু করেন মেসি । ১৯৯৫ সালে রোজারিও ভিত্তিক ক্লাব নিওয়েল’স ওল্ড বয়েজে যোগ দেন। একই সময়ে তিনি একটি স্থানীয় যুব শক্তিক্লাবের সদস্য হয়। ক্লাবটি পরবর্তী চার বছরে একটি মাত্র খেলায় পরাজিত হয়েছিল। যার ফলশ্রুতিতে স্থানীয়ভাবে মেসি “দ্য মেশিন অফ ‘৮৭” নামে পরিচিত হয়ে উঠেছিল। ছোট বেলা থেকেই ধ্যানজ্ঞান ছিল ফুটবলার হবে। ততদিনে স্থানীয়ভাবে পরিচিতি পায় কিন্তু মাত্র ১১ বছর বয়সে মেসির গ্রোথ হরমোনের সমস্যা ধরা পড়ে।  এর চিকিৎসা ব্যয় ছিল প্রতি মাসে ৯০০ মার্কিন ডলার। তবে এই ব্যয়ভার দিতে অপরাগতা প্রকাশ করে স্থানীয় ক্লাব রিভার প্লেট। ফলে মেসির ভবিষ্যৎ অনিশ্চিত হয়ে পড়ে।

ঠিক ওই সময় বার্সেলোনার তত্কালীন ক্রীড়া পরিচালক কার্লেস রেক্সাচ মেসির পাশে এসে দাঁড়ায়। ইতোমধ্যে মেসির প্রতিভা সম্পর্কে জানতে পারেন এবং মেসির খেলা দেখে মুগ্ধ হয়েছিলেন তিনি।  হাতের কাছে কোন কাগজ না পেয়ে একটি ন্যাপকিন পেপারে মেসির বাবার সাথে চুক্তি সাক্ষর করেন কার্লেস রেক্সাচ। বার্সেলোনা মেসির চিকিত্সার সমস্ত ব্যয়ভার বহন করতে রাজী হয়। এরপর মেসি এবং তার বাবা বার্সেলোনায় পাড়ি জমান। সেখানে মেসি বার্সেলোনার যুব একাডেমী লা মাসিয়াতে যোগ দিয়ে নতুন উদ্দীপনায় আবার তার খেলোয়াড় জীবন শুরু করে।

২০০৩ সালের ২৯ নভেম্বর, বার্সেলোনা সি দলে এবং ২০০৪ সালের ৬ মার্চ, বার্সেলোনা বি দলে মেসির অভিষেক হয়। ঐ মৌসুমে তিনি উভয় দলের হয়েই খেলেন। সি দলের হয়ে তার গোল সংখ্যা ছিল ১০ খেলায় ৫ এবং বি দলের হয়ে ৫ খেলায় শূন্য। এই দুই দলে অভিষেকের পূর্বে মাত্র ১৬ বছর, ১৪৫ দিন বয়সে মেসির দাপ্তরিক অভিষেক হয়েছিল ২০০৩ সালের ১৬ নভেম্বর, পোর্তোর বিপক্ষে একটি প্রীতি খেলায়। তারপর আর তার পেছন ফিরে তাকাতে হয়নি।